1926. Het verhaal volgt een zogeheten magie-zoöloog, Newt Scamander (Eddie Redmayne) genaamd. Newt heeft net zijn wereldwijde excursie voor het vinden en vastleggen van een bijzondere collectie fabeldieren afgerond. Tijdens een tussenstop in New York loopt alles uit de hand wanneer een paar fabeldieren uit zijn magische koffer weten te ontsnappen, die wel eens problemen zouden kunnen veroorzaken voor zowel de tovenaars- als de Dreuzelwereld.
In 1927, enkele maanden na de gebeurtenissen uit de eerste film, is Gellert Grindelwald ontsnapt en is hij medestanders naar zijn kant aan het overhalen. Dit met de belofte om tovenaars te verheffen boven alle niet-magische wezens. Alle hoop om hem tegen te houden rust op Albus Dumbledore en zijn goede vriend Newt Scamander, een voormalig leerling van Dumbledore.
Een eeuwenoude ring, die jaren zoek is geweest, wordt gevonden en komt bij toeval terecht bij de kleine Hobbit Frodo. Als de tovenaar Gandalf erachter komt dat deze ring eigenlijk de Ene Ring is waar de slechte Sauron naar op zoek is, gaat Frodo samen met Gandalf, een Dwerg, een Elf, twee Mensen en drie andere Hobbits op een groots avontuur om deze te vernietigen.
De hobbits Sam en Frodo beginnen samen met Gollum aan het laatste deel van hun reis richting Mordor, om daar te proberen in het hol van de leeuw de machtige Ene Ring te vernietigen. De legers van Gondor proberen ondertussen de stad Minas Tirith te beschermen tegen Sauron's legers.
De hobbits Frodo en Sam trekken verder richting Mordor om hun taak, het vernietigen van de machtige Ene Ring waar de slechte Sauron naar op zoek is, te volbrengen. Hierbij krijgen ze hulp uit onverwachte hoek. Ondertussen proberen Merry en Pippin te ontsnappen uit de handen van een Uruk-Hai leger en helpen Legolas, Aragorn en Gimli koning Theoden van Rohan in zijn strijd tegen de legers van Saruman.
Bilbo Balings is een simpele hobbit die een rustig leventje leidt in de Gouw in Midden-aarde. Zijn rustige bestaan is echter snel voorbij als de tovenaar Gandalf op zijn deur klopt. Samen met Gandalf en dertien dwergen onderneemt Bilbo een avontuur dat hem moet leiden naar de schat die de draak Smaug van de dwergen gestolen heeft.
Bilbo Balings, Thorin Eikenschild en de groep dwergen hebben hun koninkrijk heroverd op Smaug, maar onbedoeld ook een dodelijke kracht losgelaten op de wereld. Door wraak gedreven zorgt Smaug voor vele slachtoffers onder de inwoners van Meerstad. Thorin is geobsedeerd door zijn heroverde rijkdom en heeft zijn vriendschap hiervoor over, daar waar Bilbo gedwongen wordt een wanhopige en gevaarlijke keuze te maken. Maar er zijn grotere gevaren op komst. Gandalf ziet namelijk dat de gevaarlijke vijand Sauron enorme legers met Orks naar de Eenzame Berg stuurt.
Na een succesvolle doortocht over en onder de Mistige Bergen, moeten Thorin en zijn gezelschap beroep doen op een machtige vreemdeling vooraleer ze de gevaren van Demsterwold kunnen trotseren - zonder hun tovenaar. Als ze Meerstad bereiken zal de hobbit Bilbo Balings zijn afspraak met de Dwergen moeten nakomen. Het gezelschap moet de reis naar de Eenzame Berg voltooien en Balings moet de Geheime Deur zoeken die hem toegang verleent tot de schat van de draak Smaug. En waar is Gandalf heen? En wat is zijn geheime zaak in het Zuiden?